Die Entwicklung des Frauenalber Klosters und die personelle Besetzung des Konvents waren zunächst eng mit dem Hause Eberstein verknüpft. Vor allem die ersten beiden Jahrhunderte zeichneten sich durch eine stetige Vermehrung des Klosterbesitzes durch Schenkung, Käufe und anderweitige Zuwendungen aus. 1481 war im Wesentlichen der endgültige Besitzstand des Klosters erreicht, so unter anderem die Grundherrschaft über 10 Dörfer und Weiler (Metzlinschwand, Schielberg, Burbach, Pfaffenrot, Völkersbach und Spessart in unmittelbarer Umgebung), Streubesitz im Kämpfelbachtal (Bilfingen, Ersingen, Unterniebelsbach) und im Murgtal (Sulzbach). Hinzu kamen Rechte und Gerechtigkeiten in über 50 Orten zwischen Bühl im Süden, Ubstadt im Norden, dem Rand des Pfälzer Waldes im Westen und Pforzheim im Osten.

Mit dem Übergang der Schirmherrschaft von den Ebersteinern auf das Haus Baden im Laufe des 16. Jahrhunderts wurde ein erster Niedergang des Klosters offenbar, welcher nach Einführung der Reformation und einem Aufweichen der klösterlichen Disziplin noch verstärkt wurde.

Die 1535 vollzogene Landesteilung Badens in die Linien Baden-Baden und Baden-Durlach bedeutete für Frauenalb zunächst die Zuteilung zur katholischen Linie Baden-Baden. Als sich die Zustände in Frauenalb weiter verschlechtert hatten, kam es 1598 zur Aufhebung des Klosters unter Beibehaltung des Klosterbesitzes unter einem markgräflichen Oberpfleger.