Alle Anstrengungen richten sich auf die Therapie der Grunderkrankung (z. B. Wunde, Dekubitus) und der anschließenden Sanierung des MRSATrägers, um den MRSA von der Haut und der Schleimhaut des Patienten wegzubekommen. Der behandelnde Arzt entscheidet gemeinsam mit dem Hygienearzt wie lange eine Sanierung durchgeführt werden muss. Die besonderen Hygienemaßnahmen müssen solange durchgeführt werden, bis der MRSA nicht mehr auf der Haut/Schleimhaut nachgewiesen wird. Abhängig von der Grunderkrankung (z. B. Wunde) kann die Sanierungstherapie Tage, Wochen oder auch länger dauern.